Mặc dù có nhiều đóng góp cho lĩnh vực bảo mật ở Việt Nam, tuy nhiên Bkis cũng có nhiều điều tiếng gây tranh cãi trong giới công nghệ thông tin Việt Nam.
Sáng 2 tháng 2 năm 2012, hacker đã tải vào hệ thống trang web của Công ty an ninh mạng Bkav, để lại một file có nội dung "hacked:))" trên trang WebScan.vn (một nhánh con của trang web Bkav.com.vn). Tuy nhiên, hành động của hacker này không gây nguy hại cho Bkav, dường như hacker chỉ muốn cảnh báo cho Bkis, tuy nhiên việc làm của anh ta đã vi phạm pháp luật.[11] Sáng ngày 3 tháng 2 năm 2012, Công ty Bkav đã trao thưởng cho thành viên kataro92 trên diễn đàn Bkav Forum, người đầu tiên phát hiện và thông báo cho Bkav về sự việc.
Ngày 13 tháng 2 năm 2012, một nhóm hacker tự nhận là "LulzSec Việt Nam" đã tấn công forum của Bkav và đã lấy đi database của forum và đăng tải công khai cả cơ sở dữ liệu của diễn đàn. Hacker sau khi tấn công đã để lại lý do tấn công Bkav "vì mục đích đòi lại sự công bằng cho một hacker đã bị họ bắt" [12].
24 tháng 2 năm 2012, Hacker công bố hàng loạt 8 lỗi bảo mật trong hệ thống website của công ty này, đồng thời yêu cầu BKAV phải "cư xử đẹp" hơn. Đây cho thấy sự yếu kém của Bkis trong việc bảo mật chính server của mình.[13], nhưng sau đó không lâu, Bkav và Cục phó Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm công nghệ cao (C50 - Bộ Công an) đã lên tiếng bác bỏ thông tin này vì hacker thiếu kiến thức cơ bản trầm trọng[14].
Ngày 8 tháng 3 năm 2012, Hacker tiếp tục công bố các gói dữ liệu đã lấy được. Tất cả các dữ liệu đều rất nhạy cảm như thông tin về nhân sự của công ty, toàn bộ thông tin về khách hàng của bkav, các dự án ngầm của bkav. Ngay cả mã nguồn một số phần trong phần mềm diệt virus Bkav cũng bị công bố.
Ngày 24 tháng 9 năm 2012, web site anti-bkav.com phát hiện Bkav gian dối sử dụng logo VB100. Sau đó, anti-bkav.com liên hệ với báo Pc World Việt Nam phản ánh vấn đề này và báo PC World VN đã cho đăng bài "BKAV ngừng sử dụng logo VB100" [15]. Cuối cùng Bkav mới chịu gỡ bỏ logo VB100 nhưng dư luận tin rằng trong tài liệu hướng dẫn người dùng kèm theo sản phẩm Bkav Pro vẫn còn logo VB100.
Ngày 11 tháng 11 năm 2012, báo Pháp Lý cho đăng một bài viết trong đó đặt nghi vấn về việc Lê Thanh Nam làm Giám đốc – đại diện trước pháp luật của công ty Cổ phần Bkav và Công ty VMG Việt Nam.[16]
Ngày 24 tháng 11, Báo Pháp Luật và Xã hội đưa tin: ông Lê Thanh Nam thừa nhận, có là giám đốc hai pháp nhân. Lê Thanh Nam cho biết vào thời điểm thành lập Cty Bkav và Cty VMG thì luật pháp chưa quy định vấn đề này.[17]
